I 1916 startet Stiftelsen Menighetsøsterhjemmet sykehus og sykepleierutdanning i Rosenborggata i Oslo. Allerede i 1868 hadde Cathinka Guldberg startet med utdanning av diakonisser. Noen av disse begynte i menighetene for å hjelpe folk som ikke fikk plass på de få sykehus som fantes. Diakonissehuset hadde kortere kurs for disse menighetsdiakonissene.
I 1906 startet Anna Skavang Olsen en forening for disse – Lutherske menighetssykepleieres forening, og arbeidet for å etablere en egen utdanning begynte.
I 1916 – 14. oktober ble det første kullet på 12 tatt opp ved Menighetssøsterhjemmets sykepleierskole. Etter hvert vokste kullene til 30 elever.
I 1972 etablerte Stiftelsen Menighetssøsterhjemmet utdanning av diakoner ved Norsk Diakonihøyskole sammen med Bergens Diakonissehjem og Diakonissehuset Lovisenberg.
På 1980-tallet ble alle sykepleierskoler omgjort til høyskoler, og så skjedde også med Menighetssøsterhjemmets Høgskole.
Fordi virksomheten vokste, med flere studenter og planlegging av nye studietilbud, flyttet Høgskolen i 1998 til større lokaler i Linstows gate 5, like ved Slottsparken. Samtidig etablerte Høgskolen sin egen diakoniutdanning etter at Norsk Diakonihøgskole ble nedlagt.
•2000 ble Videreutdanning i sykepleie til pasienter med kreftsykdom etablert.
•2002 ble Helsesøsterutdanning etablert.
•2004 ble Videreutdanning i sykepleie til pasienter med nyresykdom etablert.
•2009 ble Videreutdanning til hygienesykepleier etablert.
I 2002 fikk Høyskolen sin første doktorgradsstipendiat
1.februar 2005 ble navnet på Menighetssøsterhjemmets Høgskole endret til Høyskolen Diakonova.
I 2014 ble Diakonova akkreditert som Høyskole av NOKUT
og 1. januar 2018 fusjonerte Høyskolen Diakonova med VID vitenskapelige høgskole.
I januar 2022 ble Stiftelsen Grefsenhjemmet fusjonert med Stiftelsen Diakonova og Grefsenhjemmet ble et datterselskap av stiftelsen.